Njegovo ubojstvo, koje je organizirao režim kralja Aleksandra I. Karađorđevića, odjeknulo je u javnosti te su Albert Einstein i Heinrich Mann uputili pismo Međunarodnoj ligi za ljudska prava u Parizu, kojom su tražili osudu ubojstva i diktature.
Dr. Milan Šufflay, ugledni znanstvenik i povjesničar svjetskog glasa, bio je samo jedna od niza žrtava velikosrpskog režima u Jugoslaviji. Razlog je što je bio nacionalno svjesni Hrvat koji je govorio i pisao istinu o sudbini i povijesti svog naroda.
Nije smio biti spominjan u obje velikosrpske Jugoslavije: monarhističko-fašističkoj i komunističkoj.
U strogom centru Zagreba 18. veljače 1931. policijski agenti Kraljevine Jugoslavije, Ljubomir Belošević i Branko Zweger, napali su hrvatskog znanstvenika-povjesničara i domoljuba Milana Šufflaya. Dogodilo se to ispred kućnog praga i razbili su mu glavu čekićem, s ciljem da ga usmrte. Umro je dan kasnije od zadobivenih ozljeda.
Dvojica policajaca bili su pripadnici režimske organizacije Mlada Jugoslavija. Poslije ubojstva srbijanski kralj ih je sklonio u Beograd i nije dopustio da se, poslije uspostave Banovine Hrvatske, izruče Zagrebu za okrutno i podmuklo ubojstvo hrvatskog znanstvenika i velikana.
To ubojstvo je, zbog znanstvene reputacije Milana Šufflaya u svijetu, izazvalo velike proteste u svijetu. Između ostalog, Albert Einstein i Heinrich Mann preko Međunarodne lige za prava čovjeka pozvali su svjetsku javnost na prosvjed zbog tog zločina.
Zločin je bio isključivo motiviran mržnjom srbijanskog režima prema osobi i radu hrvatskog domoljuba i povjesničara Milana Šufflaya.
Komunistički jugoslavenski režim, kao sljedbenik prve kraljeve Jugoslavije, u potpunosti je izbacio njegovo ime iz knjiga i sveučilišta.
Napisao više knjiga iz povijesti Albanije: ”Albanski gradovi i utvrde posebice u srednjem vijeku” , ”Srbi i Arbanasi (1925)”, ”Statuti i uredbe kaptola dračke stolne crkve” . Albanski narod mu je zahvalio tako da mu je posthumno dodijelio najviše albansko odličje „Naim Frasheri d’or”. Bilo je to 2002. godine kada je u Albaniji o njemu održan i veliki znanstveni skup, „Shuflaj dhe Shqiptarët“.
