U najbolnijoj hrvatskoj noći s 20. na 21. studenoga 1991. godine dogodio se pokolj na Ovčari, koji su počinili pripadnici tzv. JNA i srpskih paravojnih postrojbi tijekom srpske okupacije Vukovara.
Ovčara je bila farma u sklopu vukovarskog poljoprivrednog kombinata VUPIK, čiji su hangari pretvoreni u koncentracijski logor. U njima je ubijeno između 255 i 264 civila i vojnika, uglavnom Hrvata..
Bili su to ranjenici iz vukovarske bolnice, koji su prisilno izvučeni i kamionima odvezeni u logor Ovčara, a potom smaknuti u masovnim grobnicama na nepoznatim lokacijama. Bio je to najveći pojedinačni pokolj u Domovinskom ratu, a među ubijenima bili su i francuski ratni dragovoljac Jean-Michel Nicolier, hrvatski novinar Siniša Glavašević, te nećak generala JNA Andrije Rašete, koji nije nosio njegovo prezime, a u bolnici je izdavao lijekove.
Kako bi pokušale ublažiti ili prebaciti krivicu pokolja na drugu stranu, često se navodilo da su se u vukovarskoj bolnici, prije prebacivanja zarobljenika u logor, osim ranjenika skrivali i neki zdravi hrvatski vojnici. Međutim, takve su izjave ocijenjene kao pokušaj nijekanja odgovornosti, tako da je 2007. godine Međunarodni sud za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije osudio je Milu Mrkšića na 20 godina zatvora, zbog ubojstva i mučenja civila, dok je Veselin Šljivančanin osuđen na pet godina zatvora zbog dokazanih optužbi za mučenje.
Trećeoptuženi Arkan ubijen je prije pokretanja postupka, dok je četvrti optuženik Slavko Dokmanović, nekadašnji predsjednik općine Vukovara, počinio samoubojstvo u pritvoru u Haagu 1998. godine.
Mnogo ljudi ne zna da je održan višesatni sastanak vodstva JNA i Teritorijalne obrane, da su smijenili dvojicu koji su bili protiv pokolja i postavili Stanka Vujanovića i Miroljuba Vujovića. To je bio organizirani plan – JNA je logistički, kamionima i bagerima, organizirala, provela i osigurala cijeli pokolj na Ovčari. Jasno da je bila vođena iz centara moći u Beogradu, dakle od samoga Slobodana Miloševića.
Politika tadašnjega Miloševićeva režima odobrila je zločin. Ako Milošević i nije osobno rekao ‘idi tamo i pokolji’, jer sve se dogodilo u manje od 24 sata, ali ljudi koje je poslao u Vukovar bili su izabrani od Miloševića i on im je dao autoritet da to naprave. Teritorijalci su ubijali ljude, no sve je to omogućila JNA sa zvijezdom petokrakom na čelu.
Emil Čakalić, Hrvat iz Vukovara, govori o tome što je jedan vojnik ispričao njemu i drugim zarobljenicima u kasarni u Vukovaru 1991., nakon što je jedva izbjegao pogubljenje na Ovčari. Svjedočio je u predmetu protiv Slavka Dokmanovića, 5. veljače 1998. a 13. i 14. ožujka 2006. u predmetu protiv bivših časnika JNA Veselina Šljivančanina, Mileta Mrkšića i Miroslava Radića, te 16. srpnja 2003. u predmetu protiv Slobodana Miloševića.
