Nakon povratka u Hrvatsku domoljub Miro Barešić pod sumnjivim okolnostima je poginuo u Domovinskom ratu. Ubijen je 31. srpnja 1991. u Miranje Donje.
12.srpnja 1991. pod imenom Božidar Smotalić vratio se u Hrvatsku i organizirao borbenu jedinicu koja je osnovana uz suglasnost Gojka Šuška i Vice Vukojevića. Po dolasku u Hrvatsku uzima novo ime – Marko Marić.
Planirao je vojne akcije, a u jednoj takvoj akciji je i poginuo u Zadarskoj županiji samo tri tjedna nakon dolaska u Hrvatsku. Nadzor nad akcijom je imao i SZUP koji je vodio Josip Perković. Premda je akcija u zaleđu martićevaca bila dobro pripremljena, kada je započela, sve je bilo drugačije, akcija je provaljena a Barešićev tim je uletio u klopku.
Dugo godina kasnije saznalo se da su informacije iz SZUP-a otišle u KOS, koji je još tada bio u Zagrebu, pa je srpska strana sve saznala. Izdaja je došla sa vrha!
Prvotno je bio pokopan na zagrebačkom groblju Miroševcu pod imenom Ante Katić. To je napravljeno sa razlogom kako njegovi suborci ne bi saznali za njegovu smrt.
Posmrtni ostaci Mire Barešića premješteni u grob u Aleji branitelja na Mirogoju
26. lipnja 1992. njegovi posmrtni ostaci su premješteni u grob u Aleji branitelja na Mirogoju te je posmrtno promaknut u čin bojnika.
U Dragama kod Pakoštana nalazi se Trg Mire Barešića, u Splitu Ulica Mira Barešića i Obala Mira Barešića u Seget Vranjici. U Dragama je na Trgu 31. srpnja 2016. podignut spomenik njemu u čast.
Nedugo nakon podizanja, nepoznati počinitelji su zalili spomenik crvenom bojom. Dok god imamo takve, Hrvatska nije slobodna jer su ti počinitelji zaštićeni od samog vrha.
NAŠI NAJBOLJI SU SADA NA ONOM SVIJETU: Njihovi progonitelji i ubojice – vladaju dubokom državom…“Ili ću uspjet ili ću nestat ili ću umrijet… Al’, umrijet ću za svoj narod, za Hrvatsku i za pravdu!”MIRO BAREŠIĆ (Šibenik, 10. rujna 1950. – Miranje Donje, 31. srpnja 1991.)
