Obranu od srpske agresije u Maglaju postavio je i predvodio HVO. Muslimani koji su organizirali teritorijalnu obranu bili su uz HVO i pod zapovjedništvom HVO-a. Ratno predsjedništvo grada Maglaja činili su 2 Bošnjaka-muslimana i jedan Hrvat. Obrana općine Maglaj bila je povjerena HVO-u općine Žepče.
Napad na HVO je uslijedio nekoliko dana nakon posjete dr. Ejupa Ganića Maglaju. On je došao u Maglaj u transporteru UNPROFOR-a i naredio političkom i vojnom rukovodstvu Maglaja da prekine suradnju s HVO ta da napadnu HVO na području općine Maglaj. Napad na Hrvate započinje krajem lipnja 1993. godine Armija BiH je u selu Liješnica sravnila 35 hrvatskih kuća.
U općini Maglaj su pripadnici bošnjačko-muslimanske armije (Armija BiH) ubili 7 civila: Karla Banovića, Matu Banovića, Pavu Jugović, Ljiljanu Maglica, Luku Miličevića, Matu Sliškovića i Josipa Vilića.
Pripadnici 201. brigade Armije BiH i pripadnici „Zelene legije“ su počinili ratni zločin u naselju Novakovići, ubili su zarobljene pripadnike HVO-a.
Dana 21. siječnja 1994. godine ubili su 9 zarobljenih pripadnika HVO-a u selu Sedra – Novakovići (općina Maglaj). Ubijeni su: Ivo Antolović, Ilija Babić, Franjo Banović, Drago Kramer, Pero Matijević, Ivo Udovičić, Ivica Vilić, Jozo Vilić i Marija Vilić.
Dana 24. siječnja 1994. u selu Pazarić – Novakovići ubili su 6 vojnika HVO-a: Drago Banović, Jozo BevandićIlija Dunđer, Jozo Karatović, Alen Matijević i Juro Šimunović.
Pripadnici bošnjačko-muslimanske armije (Armija BiH) još su ubili 4 zarobljena pripadnika HVO-a u općini Maglaj: Franju Ćuru, Marinka Ivandića, Ivicu Jozića i Miroslava Zelića.
Kada su žrtve ekshumirane (18. ožujka 1994.) vidjelo se da su vezane, bez odjeće, neki izvađenih očiju s mnogo rana po tijelu.
Postrojbe Armije BiH su oštetile i svetište sv. Leopolda Bogdana Mandića. . Muslimanske vlasti su zabranili održavanje mise, a u kuću Sestara Služavki maloga Isusa u Maglaju uselili su se prognanici.
U Maglaju je kao i u drugim mjestima pod bošnjačko-muslimanskom kontrolom izvršeno etničko čišćenje. Kuće Hrvata su opljačkane i spaljene.
U zgadi MUP-a u Maglaju bio je zatvor (do 5. ožujka 1994.) za Hrvate (vojnike i civile). U zatvoru je bilo zatočeno oko 100 civila i 30 pripadnika HVO-a.
Znaju se imena mučitelja u zatvoru: Mahmut Memišević, Isak Memišević, Željko Verić
Odgovorne osobe za nečovječno postupanje bili su Aida Smajić, predsjednica SDA i općine Maglaj, Esad Hidić, zapovjednik 201. bbr. Armije BiH i Ismet Mustajbašić.
Izvori: Davor Marijan, Ante Nazor, Zlatan Mijo Jelić i PeterKolakušić: Domovinski rat i zločini nad Hrvatima u Bosni i Hercegovini 1991. – 1995.; Ivica Mlivončić: Zločin s pečatom
